Введение в биоинформатику (Introduction to Bioinformatics)

Saint Petersburg State University

Курс «Введение в биоинформатику» адресован тем, кто хочет получить расширенное представление о том, что такое биоинформатика и как она помогает биологам и медикам в их работе. The course is aimed at those who would like to have a better idea of what bioinformatics is and how it helps biologists and medical scientists in research and clinical work.

Существует много определений биоинформатики. Все они говорят о дисциплине, объединяющей биологию, математику и информатику с целью решения задач молекулярной биологии, генетики, здравоохранения, фармакологии, биохимии, клеточной биологии и т.д. Мы посмотрим на биоинформатику как на науку о биологии и биологических данных, и начнем с геномной биоинформатики.

В рамках курса будет рассказано о сиквенсных технологиях, разнообразии получаемых данных и форматов, в которых они бывают доступны ученым. О том как подготовить даннные для успешного анализа и каких проблем можно избежать, внимательно отнесясь к их качеству на начальных стадиях работы с данными. Курс познакомит с некоторыми алгоритмическими подходами, используемыми при сборке геномов, их аннотации и анализе мутаций.

Совместный курс Санкт-Петербургского Государственного Университета и Института Биоинформатики СПб нацелен на практические аспекты геномных проектов. Курс читается на русском языке  с использованием наглядного материала на английском. Такое двуязычное изложение поможет слушателям ориентироваться в терминологии и облегчит чтение статей по геномике и биоинформатике, которые преимущественно публикуются на английском языке.

There is a wide variety of definitions attempting to explain what bioinformatics really is, but despite their differences, they all seem to agree that it is a science that combines biology, mathematics and IT for the purpose of finding solutions in the fields of biology, genetics, healthcare, pharmacology, biochemistry, cell biology etc. We will focus on bioinformatics as it relates to biology and biological data, starting with genome biology.

The course materials will cover sequencing technologies and the diversity of data types and data formats available to the scientific community. We will learn how to successfully prepare data for analysis and how to avoid potential issues by paying special attention to the quality of data from the very start of the project. The course will also introduce a number of algorithmic approaches used to assemble and annotate genomes, as well as to analyze mutations.

This course, created as a result of joint efforts between St.Petersburg State University and Bioinformatics Institute SPb, aims to familiarize the students with the practical side of genome projects. All lectures will be presented in Russian, while the visual materials will be in English. Such bilingual presentation will help you to understand specific terminology and read articles on genomics and bioinformatics, which are mainly published in English.

Syllabus

Неделя 1: Введение

Знакомство с лабораторией 

Неделя 2: Технологии секвенирования

Неделя 3: Контроль качества

Неделя 4: Сборка ДНК de novo

Неделя 5: Выравнивание коротких фрагментов сиквенса (ридов)

Неделя 6: Аннотация генов и интерпретация результатов


Week One: Introduction

Introduction to Wet Lab

Week Two: Sequencing Technologies

Week Three: Quality Control

Week Four: De novo DNA Assembly

Week Five: Short Read Alignment

Week Six: Gene Annotation and Interpretation of Results

Recommended Background

Если вы знаете, чем ДНК отличается от РНК и можете за 5 минут найти в интернете статью Уотсона и Крика 1953 года, то этот курс для Вас!

If you have an interest for bioinformatics, can tell the difference between DNA and RNA and need no more than 5 minutes to find a Watson and Circk article (1953) on the web, this course is for you!

Course Format

Курс длится 6 недель, каждая из которых включает несколько видео фрагментов лекций длиной около 10 минут и 2-3 контрольных вопроса. Также по материалам каждой недели будет обязательное домашнее задание в форме вопросов или практических задач.Начиная с третьей недели, студенты начнут работу над проектом на основе реальных данных секвенирования бактериального генома.Мы советуем студентам общаться и помогать друг другу на форуме курса
This 6 week course is comprised of a number of video-lectures subdivided into 7-15 minute fragments each, followed by a short 2-3 question quiz. Each week there will also be mandatory homework assignments and quizzes in the form of questions or practical assignments.Starting from week three students will begin working on a project based on a set of real bacterial genome sequencing data.We recommend that the students take the time to discuss the covered materials and help each other in the forum section of the course.
Dates:
  • 20 October 2015, 6 weeks
  • 17 November 2014, 6 weeks
Course properties:
  • Free:
  • Paid:
  • Certificate:
  • MOOC:
  • Video:
  • Audio:
  • Email-course:
  • Language: Russian Ru

Reviews

No reviews yet. Want to be the first?

Register to leave a review

Show?id=n3eliycplgk&bids=695438
Included in selections:
NVIDIA
More on this topic:
Obloji_awards-09 Введение в Биоинформатику: Метагеномика (Introduction to Bioinformatics: Metagenomics)
Авторский коллектив курса Введение в биоинформатику: метагеномика» был отме...
______________ Введение в биоинформатику (Introduction to Bioinformatics)
Курс Введение в биоинформатику» адресован тем, кто хочет получить расширенн...
More from 'Engineering & Technology':
Logo Наноэлектронная элементная база информатики на основе полупроводников и ферромагнетиков
Из огромного объема информации – десятков тысяч публикаций, посвященных нан...
Logo Наноэлектронная элементная база информатики. Качественно новые направления
Курс по наноэлектронной элементной базе информатики посвящен качественно но...
Extpicture Инструктивный синтез нанометровых вычислительных структур. От задач к вычислительным моделям и структурам
В курсе раскрыт фундаментальный и междисциплинарный характер всей проблемат...
Electronics2 Введение в практическую электронику
Электроника - основа современной жизни, хотим мы этого или нет. Она позволя...
More from 'Coursera':
Hk97 Моделирование биологических молекул на GPU (Biomolecular modeling on GPU)
Моделирование биологических молекул - одна из бурно развивающихся областей ...
Corporate-finance Основы корпоративных финансов (Fundamentals of Corporate Finance)
Мы рассмотрим принципы и модели финансового анализа компании, а также оценк...
Blue_logo_edited Электричество и магнетизм. Часть 1 (Electricity and Magnetism. Part 1)
Курс посвящен изучению базовых законов электростатики и магнитостатики. Что...
Financial-markets-and-institutions1 Финансовые рынки и институты (Financial Markets and Institutions)
Вы узнаете, как функционируют финансовые рынки и финансовые институты. Каки...
History-of-economics История экономической мысли (History of Economic Thought)
Курс поможет осмыслить извечные проблемы жизни человека: богатство и беднос...

© 2013-2019